Index: head/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile
===================================================================
--- head/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile	(revision 457332)
+++ head/biology/p5-Bio-Phylo/Makefile	(revision 457333)
@@ -1,39 +1,42 @@
 # Created by: Aaron Dalton <aaron@FreeBSD.org>
 # $FreeBSD$
 
 PORTNAME=	Bio-Phylo
-PORTVERSION=	0.58
-PORTREVISION=	1
+PORTVERSION=	2.0.1
+DISTVERSIONPREFIX=	v
 CATEGORIES=	biology perl5
 MASTER_SITES=	CPAN
 PKGNAMEPREFIX=	p5-
 
 MAINTAINER=	perl@FreeBSD.org
 COMMENT=	Phylogenetic analysis using Perl
 
 LICENSE=	ART10 GPLv1+
 LICENSE_COMB=	dual
 LICENSE_FILE_ART10=	${WRKSRC}/COPYING
 
-BUILD_DEPENDS=	p5-BioPerl>=0:biology/p5-BioPerl \
+BUILD_DEPENDS=	p5-Archive-Zip>=0:archivers/p5-Archive-Zip \
+		p5-BioPerl>=0:biology/p5-BioPerl \
 		p5-GD>=0:graphics/p5-GD \
 		p5-Math-CDF>=0:math/p5-Math-CDF \
 		p5-Math-Random>=0:math/p5-Math-Random \
 		p5-PDF-API2>=0:textproc/p5-PDF-API2 \
+		p5-RDF-Query>=0:textproc/p5-RDF-Query \
+		p5-RDF-Trine>=0:textproc/p5-RDF-Trine \
 		p5-SVG>=0:textproc/p5-SVG \
 		p5-SWF-Builder>=0:graphics/p5-SWF-Builder \
 		p5-XML-LibXML>=0:textproc/p5-XML-LibXML \
 		p5-XML-Twig>=0:textproc/p5-XML-Twig \
 		p5-XML-XML2JSON>=0:textproc/p5-XML-XML2JSON \
 		p5-libxml>=0:textproc/p5-libxml
 RUN_DEPENDS:=	${BUILD_DEPENDS}
 TEST_DEPENDS=	p5-JSON>=0:converters/p5-JSON
 
 NO_ARCH=	yes
 USES=		perl5
 USE_PERL5=	configure
 
 post-patch:
 	@${REINPLACE_CMD} -e '/NAME/ s|Bio-Phylo|Bio::Phylo|' ${WRKSRC}/Makefile.PL
 
 .include <bsd.port.mk>
Index: head/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo
===================================================================
--- head/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo	(revision 457332)
+++ head/biology/p5-Bio-Phylo/distinfo	(revision 457333)
@@ -1,2 +1,3 @@
-SHA256 (Bio-Phylo-0.58.tar.gz) = b8bbd3ea0d2029abac7c8119ef84d607d9c5a226477e8955bc38bac99d44167c
-SIZE (Bio-Phylo-0.58.tar.gz) = 459056
+TIMESTAMP = 1514221175
+SHA256 (Bio-Phylo-v2.0.1.tar.gz) = 30bf253800a12ac501222ea42d17612f0557af6329daf05465b538569a894f4d
+SIZE (Bio-Phylo-v2.0.1.tar.gz) = 541665
Index: head/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist
===================================================================
--- head/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist	(revision 457332)
+++ head/biology/p5-Bio-Phylo/pkg-plist	(revision 457333)
@@ -1,242 +1,264 @@
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/EvolutionaryModels.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Factory.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawNodeRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/DrawTreeRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Node.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/NodeRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/Tree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Forest/TreeRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Generator.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/IO.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Identifiable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Listable.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/ListableRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Manual.pod
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Character.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Characters.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Continuous.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Custom.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Dna.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Illumina.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Mixed.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Protein.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Restriction.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Rna.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Sanger.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Solexa.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datatype/Standard.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Datum.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/DatumRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/Matrix.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/MatrixRole.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Matrices/TypeSafeData.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Mediators/TaxaMediator.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Binary.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/F81.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/GTR.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/HKY85.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/JC69.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Models/Substitution/Dna/K80.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Libxml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Document/Twig.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Libxml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/DOM/Element/Twig.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Entities.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Meta/XMLLiteral.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/Writable.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/NeXML/XML2JSON.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Abstract.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Adjacency.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Cdao.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Dwca.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fasta.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Fastq.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Figtree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Json.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Newick.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nexml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nexus.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Nhx.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Phylip.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Phyloxml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Table.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Taxlist.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Tnrs.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Tolweb.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Ubiocbmeta.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Ubiometa.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Parsers/Ubiosearch.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Client.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Resource/Description.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/Timetree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/Tolweb.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/UbioClassificationBank.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/PhyloWS/Service/UbioNameBank.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Project.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Set.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/TaxaLinker.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/Taxon.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Taxa/TaxonLinker.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Abstract.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Canvas.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Gif.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Jpeg.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Pdf.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Png.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Processing.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Svg.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Treedrawer/Swf.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Abstract.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Adjacency.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Cdao.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Fasta.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Figtree.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Hennig86.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Html.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Json.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Mrp.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Newick.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Nexml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Nexus.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Nhx.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Nwmsrdf.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Pagel.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Phylip.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Phyloxml.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Rss1.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Unparsers/Taxlist.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/CONSTANT/Int.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Dependency.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Exceptions.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/IDPool.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Logger.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/MOP.pm
+%%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/Math.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/OptionalInterface.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/Phylo/Util/StackTrace.pm
 %%SITE_PERL%%/Bio/PhyloRole.pm
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::EvolutionaryModels.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Factory.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawNodeRole.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::DrawTreeRole.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::Node.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::NodeRole.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Forest::TreeRole.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::IO.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Manual.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Character.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Characters.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Continuous.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Dna.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Protein.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Restriction.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datatype::Rna.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Datum.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::DatumRole.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Matrices::Matrix.3.gz
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+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Models::Substitution::Binary.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::CONSTANT.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::IDPool.3.gz
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 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::MOP.3.gz
+%%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::Math.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::OptionalInterface.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::Phylo::Util::StackTrace.3.gz
 %%PERL5_MAN3%%/Bio::PhyloRole.3.gz