Index: biology/phyml/Makefile
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--- biology/phyml/Makefile
+++ biology/phyml/Makefile
@@ -4,6 +4,7 @@
 PORTNAME=	phyml
 DISTVERSIONPREFIX=	v
 DISTVERSION=	3.3.20190909
+PORTREVISION=	1
 PORTEPOCH=	1
 CATEGORIES=	biology
 
@@ -19,7 +20,7 @@
 GH_ACCOUNT=	stephaneguindon
 
 GNU_CONFIGURE=	yes
-CONFIGURE_ARGS=	--disable-beagle
+CONFIGURE_ARGS=	--disable-beagle --disable-native
 
 PORTDOCS=	*
 PORTEXAMPLES=	*
Index: biology/phyml/files/patch-configure.ac
===================================================================
--- /dev/null
+++ biology/phyml/files/patch-configure.ac
@@ -0,0 +1,10 @@
+--- configure.ac.orig	2019-09-12 20:56:13 UTC
++++ configure.ac
+@@ -48,7 +48,6 @@ AC_CHECK_FUNCS([floor pow rint sqrt strchr strstr])
+ dnl DEFAULT_VECTOR_FLAG=
+ dnl DEFAULT_VECTOR_FLAG="-mavx -mfma"
+ dnl DEFAULT_VECTOR_FLAG=-msse3
+-DEFAULT_VECTOR_FLAG="-march=native"
+ 
+ 
+ AC_ARG_ENABLE([native],